分子シミュレーション関連:gromacs:gromacs_計算のためのtips [無銘闇人の備忘録]

分子シミュレーション関連:gromacs:gromacs_計算のためのtips

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     * TOPOL.tpr は入力トラジェクトリに対応するトポロジーファイル\\ 境界をまたいでいない構造 (最適化時に作成した .tpr など) が好ましい。前の操作の ''-s TOPOL.tpr'' と同じ。
     * OUTPUT.trr は出力トラジェクトリ (.xtc でも可)
-    * 実行すると、出力する部位を尋ねられるので、数字で答える\\ 出力する部位が選択肢にない場合は、''-n index.ndx'' で .ndx ファイルを指定する → [[http://mumeiyamibito.0am.jp/doku.php/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/gromacs/gromacs_%E8%A8%88%E7%AE%97%E3%81%AE%E3%81%9F%E3%82%81%E3%81%AEtips#%E7%89%B9%E5%AE%9A%E3%81%AE%E9%A0%98%E5%9F%9F%E3%81%AE%E9%81%B8%E6%8A%9E%E8%82%A2%E3%82%92%E6%96%B0%E8%A6%8F%E4%BD%9C%E6%88%90%E3%81%99%E3%82%8B%E6%96%B9%E6%B3%95 | ndx ファイルの作り方]]
+    * 実行すると、出力する部位を尋ねられるので、数字で答える\\ 出力する部位が選択肢にない場合は、''-n index.ndx'' で .ndx ファイルを指定する → [[#特定の領域の選択肢を新規作成する方法 | ndx ファイルの作り方]]
   * 参考サイト:
     * [[http://blog.livedoor.jp/ag_plusplus/archives/67925050.html | Ag++ : GROMACSトラジェクトリからAMBERトラジェクトリへの変換 続き]]
     * [[http://manual.gromacs.org/programs/gmx-trjconv.html | trjconv のマニュアル]]
+=== 事前に選択肢を選ぶ ===
+  * 入力ファイルの作成および解析の際に、力場や領域の質問の選択肢がすでにわかっている場合、事前に与える方法がある
+  * どちらかというと、このプログラムの Tips というよりシェルの Tips に近い方法
+  * 例. SUBCOMMAND を実行した際に 10 と答える\\ <code bash>$ gmx SUBCOMMAND ... << "EOF"
+EOF
+</code>
+    * ''EOF'' で囲まれた間をプログラムに与えるという意味
+    * 最初と最後の ''EOF'' は両方とも同じ文字列であれば、どんな単語でも良い
+{{tag>Linux 分子シミュレーション アプリケーション}}

分子シミュレーション関連/gromacs/gromacs_計算のためのtips.1475732446.txt.gz
最終更新: 2016/10/06 14:40
by mumeiyamibito