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Gromacs 計算手順 (Ver.5)
概要
- Gromacs Ver.5 以降の計算手順
- 基本的には各コマンドが gmx のサブコマンドとなっただけで基本的には同じ
手順
通常
書きかけ
- 計算実行
$ gmx mdrun [OPTION]
- OPTION
- 入出力関係
-deffnm: 計算の入出力ファイルの接頭辞を指定-s、-o、-x、-g、-e、-cpoオプションが不要になる-deffnmに加えて、-s、-o、-x、-g、-e、-cpoを指定した場合、それらのオプションが優先される
-s: 入力トポロジーファイルの指定 (.tpr)-o: 出力トラジェクトリファイル (.trr)-x: 出力トラジェクトリファイル (.xtc)-g: 出力ログファイル (.log)-e: 出力エネルギーファイル (.edr)-cpi: 入力チェックポイントファイル (.cpt)-cpo: 出力チェックポイントファイル (.cpt)
- 並列計算関係
-nt: OpenMP のスレッド数 (計算機 1 台の中での並列数)。デフォルトは 0 (自動検出)。-ntmpi: MPI の数 (計算機の数; ただし、計算機 1 台の中でも並列指定可能)。デフォルトは 0 (自動検出)。- OpenMP と MPI の違いの参考サイト: プログラムの並列化について [AFFRIT Portal]
- 自動検出 (0) だと、計算機の CPU 数をフルに使うように計算する。
8 CPU の計算機 1 台の例-nt、-ntmpiともに0、あるいは指定しない場合、OpenMP:8、MPI:1-nt 2、-ntmpi 0の場合、OpenMP:2、MPI:4-nt 2、-ntmpi 1(両方指定) の場合、OpenMP:2、MPI:1 ⇒ 任意に指定
- 参考サイト: gmx mdrun
MD 計算の延長
- MD 計算の計算時間を延長したい場合に使う (tpbconv が廃止され、convert-tpr に置き換わった)
- MD 時間を延長した入力ファイルの作成
$ gmx convert-tpr -s PREVIOUS.tpr -extend TIME -o NEXT.tpr
-s PREVIOUS.tpr: 前の計算で使用した tpr (PREVIOUS.tpr) を指定–extend TIME: 延長時間の指定 (TIME は ps 単位で指定する)-o NEXT.tpr: 出力ファイルの指定 (次の計算に使う tpr ファイル (NEXT.tpr) を指定する)
- 計算開始
$ gmx mdrun -s NEXT.tpr -deffnm DEFNAME -cpi PREVIOUS.cpt
-s NEXT.tpr: 前の操作で作成した .tpr (NEXT.tpr) を指定-deffnm DEFNAME: 出力ファイルや入力ファイルの共通のファイル名 (拡張子を除く) を指定 (この場合は DEFNAME.* が計算で出力される)- 前の計算で指定した
-deffnmを再度指定すると、各出力ファイルに追記する形で計算が続行される
-cpi PREVIOUS.cpt: チェックポイントファイル (PREVIOUS.cpt) の指定- PREVIOUS.cpt は前の計算が完了した際に作成されている
- tpr 自体は延長分を足し合わせた計算をするようになっている。.cpt を指定しないと最初から延長分までの計算をすることになるため、<html><span style=“color: red; font-weight: bold”>cpi の指定を忘れないこと！</span></html>
例- 0〜10 ns の計算をする .tpr に 10 ns を追加する convert-tpr を実行してできた NEXT.tpr を作成
gmx mdrun -s NEXT.tpr -deffnm DEFNAME→ 0〜20 ns の計算を実行gmx mdrun -s NEXT.tpr -deffnm DEFNAME -cpt PREVIOUS.cpt→ 10〜20 ns の計算を実行