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Gromacs 計算手順 (Ver.5)
概要
- Gromacs Ver.5 以降の計算手順
- 基本的には各コマンドが gmx のサブコマンドとなっただけで基本的には同じ
手順
通常
書きかけ
MD 計算の延長
- MD 計算の計算時間を延長したい場合に使う
- 延長分の入力ファイルの作成
$ gmx convert-tpr -s PREVIOUS.tpr -extend TIME -o NEXT.tpr
-s PREVIOUS.tpr: 前の計算で使用した tpr (PREVIOUS.tpr) を指定–extend TIME: 延長時間の指定 (TIME は ps 単位で指定する)-o NEXT.tpr: 出力ファイルの指定 (次の計算に使う tpr ファイル (NEXT.tpr) を指定する)
- 計算開始
$ gmx mdrun -deffnm NEXT
- 通常の計算と同様に実行する (NEXT.tpr を使って計算をする)