分子シミュレーション関連:gromacs:gromacs計算手順_ver.5

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分子シミュレーション関連:gromacs:gromacs計算手順_ver.5 [2018/12/04 10:37] – mumeiyamibito分子シミュレーション関連:gromacs:gromacs計算手順_ver.5 [2024/11/25 12:55] (現在) – [MD 計算の延長] mumeiyamibito
行 6: 行 6:
 ===== 手順 ===== ===== 手順 =====
 ==== 通常 ==== ==== 通常 ====
- 
-<note warning>書きかけ</note> 
   - PDB ファイルを GRO ファイルに変換する。\\ <code bash>$ gmx pdb2gmx -f PROTEIN.pdb -o PROTEIN.gro -p PROTEIN.top -ff amber14sb -water tip3p</code>   - PDB ファイルを GRO ファイルに変換する。\\ <code bash>$ gmx pdb2gmx -f PROTEIN.pdb -o PROTEIN.gro -p PROTEIN.top -ff amber14sb -water tip3p</code>
     * ''-f'': 入力構造ファイル (.pdb)     * ''-f'': 入力構造ファイル (.pdb)
行 73: 行 71:
         * ''-s''、''-o''、''-x''、''-g''、''-e''、''-cpo'' オプションが不要になる         * ''-s''、''-o''、''-x''、''-g''、''-e''、''-cpo'' オプションが不要になる
         * ''-deffnm'' に加えて、''-s''、''-o''、''-x''、''-g''、''-e''、''-cpo'' を指定した場合、それらのオプションが優先される         * ''-deffnm'' に加えて、''-s''、''-o''、''-x''、''-g''、''-e''、''-cpo'' を指定した場合、それらのオプションが優先される
-        * ''-deffnm'' ではなく、個別に指定する場合 +      * ''-deffnm'' ではなく、個別に指定する場合 
-          * ''-s'': 入力トポロジーファイルの指定 (.tpr) +        * ''-s'': 入力トポロジーファイルの指定 (.tpr) 
-          * ''-o'': 出力トラジェクトリファイル (.trr) +        * ''-o'': 出力トラジェクトリファイル (.trr) 
-          * ''-x'': 出力トラジェクトリファイル (.xtc) +        * ''-x'': 出力トラジェクトリファイル (.xtc) 
-          * ''-g'': 出力ログファイル (.log) +        * ''-g'': 出力ログファイル (.log) 
-          * ''-e'': 出力エネルギーファイル (.edr) +        * ''-e'': 出力エネルギーファイル (.edr) 
-          * ''-cpi'': 入力チェックポイントファイル (.cpt) +        * ''-cpi'': 入力チェックポイントファイル (.cpt) 
-          * ''-cpo'': 出力チェックポイントファイル (.cpt)+        * ''-cpo'': 出力チェックポイントファイル (.cpt)
       * 並列計算関係       * 並列計算関係
         * ''-nt'': OpenMP のスレッド数 (計算機 1 台の中での並列数)。デフォルトは 0 (自動検出)。         * ''-nt'': OpenMP のスレッド数 (計算機 1 台の中での並列数)。デフォルトは 0 (自動検出)。
行 104: 行 102:
     * ''-cpi PREVIOUS.cpt'': チェックポイントファイル (PREVIOUS.cpt) の指定     * ''-cpi PREVIOUS.cpt'': チェックポイントファイル (PREVIOUS.cpt) の指定
       * PREVIOUS.cpt は前の計算が完了した際に作成されている       * PREVIOUS.cpt は前の計算が完了した際に作成されている
-      * tpr 自体は延長分を足し合わせた計算をするようになっている。.cpt を指定しないと最初から延長分までの計算をすることになるため、<html><span style="color: red; font-weight: bold">cpi の指定を忘れないこと！</span></html>\\ 例+      * tpr 自体は延長分を足し合わせた計算をするようになっている。.cpt を指定しないと最初から延長分までの計算をすることになるため、**cpi の指定を忘れないこと！**\\ 例
         * 0〜10 ns の計算をする .tpr に 10 ns を追加する convert-tpr を実行してできた NEXT.tpr を作成         * 0〜10 ns の計算をする .tpr に 10 ns を追加する convert-tpr を実行してできた NEXT.tpr を作成
           * ''gmx mdrun -s NEXT.tpr -deffnm DEFNAME'' -> 0〜20 ns の計算を実行           * ''gmx mdrun -s NEXT.tpr -deffnm DEFNAME'' -> 0〜20 ns の計算を実行
  • 分子シミュレーション関連/gromacs/gromacs計算手順_ver.5.1543887475.txt.gz
  • 最終更新: 2018/12/04 10:37
  • by mumeiyamibito