分子シミュレーション関連:gromacs:gromacs計算手順_ver.5

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分子シミュレーション関連:gromacs:gromacs計算手順_ver.5 [2018/12/04 10:32] – mumeiyamibito分子シミュレーション関連:gromacs:gromacs計算手順_ver.5 [2024/11/25 12:55] (現在) – [MD 計算の延長] mumeiyamibito
行 6: 行 6:
 ===== 手順 ===== ===== 手順 =====
 ==== 通常 ==== ==== 通常 ====
- 
-<note warning>書きかけ</note> 
   - PDB ファイルを GRO ファイルに変換する。\\ <code bash>$ gmx pdb2gmx -f PROTEIN.pdb -o PROTEIN.gro -p PROTEIN.top -ff amber14sb -water tip3p</code>   - PDB ファイルを GRO ファイルに変換する。\\ <code bash>$ gmx pdb2gmx -f PROTEIN.pdb -o PROTEIN.gro -p PROTEIN.top -ff amber14sb -water tip3p</code>
     * ''-f'': 入力構造ファイル (.pdb)     * ''-f'': 入力構造ファイル (.pdb)
行 48: 行 46:
     * ''ions.mdp'' は以下のものを用いた。\\ <file text ions.mdp>     * ''ions.mdp'' は以下のものを用いた。\\ <file text ions.mdp>
 integrator    = steep integrator    = steep
-emtol        = 1000.0+emtol         = 1000.0
 emstep        = 0.01 emstep        = 0.01
 nsteps        = 50000 nsteps        = 50000
-nstlist        = 100 +nstlist       = 100 
-ns_type        = grid +ns_type       = grid 
-rlist        = 1.0 +rlist         = 1.0 
-coulombtype    = PME +coulombtype   = PME 
-rcoulomb    = 1.0 +rcoulomb      = 1.0 
-nstlog = 1 +nstlog        = 1 
-pbc = xyz +pbc           = xyz 
-vdwtype = cut-off +vdwtype       = cut-off 
-constraints = none+constraints   = none
 cutoff-scheme = Verlet cutoff-scheme = Verlet
 </file> </file>
   - VMD などで構造を確認する。   - VMD などで構造を確認する。
-  - Gromacs で実行する。 +  - トポロジーバイナリファイルを作成する。\\ <code bash>$ gmx grompp -f EM.mdp -c PROTEIN_system.gro -p PROTEIN.top -o PROTEIN_em.tpr</code> 
- +    * ''-f'': 計算条件ファイル (.mdp; ここでは最適化ファイルを指定) 
-  * 計算実行\\ <code bash>$ gmx mdrun [OPTION]</code>+    * ''-c'': 入力構造ファイル (.gro) 
 +    * ''-p'': 入力トポロジーファイル (.top) 
 +    * ''-o'': 出力トポロジーバイナリファイル (.tpr) 
 +  - Gromacs で実行する。\\ <code bash>$ gmx mdrun [OPTION]</code>
     * OPTION     * OPTION
-      * 入出力関係 +      * ''-deffnm'': 計算の入出力ファイルの接頭辞を指定 
-        * ''-deffnm'': 計算の入出力ファイルの接頭辞を指定 +        * ''-s''、''-o''、''-x''、''-g''、''-e''、''-cpo'' オプションが不要になる 
-          * ''-s''、''-o''、''-x''、''-g''、''-e''、''-cpo'' オプションが不要になる +        * ''-deffnm'' に加えて、''-s''、''-o''、''-x''、''-g''、''-e''、''-cpo'' を指定した場合、それらのオプションが優先される 
-          * ''-deffnm'' に加えて、''-s''、''-o''、''-x''、''-g''、''-e''、''-cpo'' を指定した場合、それらのオプションが優先される+      * ''-deffnm'' ではなく、個別に指定する場合
         * ''-s'': 入力トポロジーファイルの指定 (.tpr)         * ''-s'': 入力トポロジーファイルの指定 (.tpr)
         * ''-o'': 出力トラジェクトリファイル (.trr)         * ''-o'': 出力トラジェクトリファイル (.trr)
行 101: 行 102:
     * ''-cpi PREVIOUS.cpt'': チェックポイントファイル (PREVIOUS.cpt) の指定     * ''-cpi PREVIOUS.cpt'': チェックポイントファイル (PREVIOUS.cpt) の指定
       * PREVIOUS.cpt は前の計算が完了した際に作成されている       * PREVIOUS.cpt は前の計算が完了した際に作成されている
-      * tpr 自体は延長分を足し合わせた計算をするようになっている。.cpt を指定しないと最初から延長分までの計算をすることになるため、<html><span style="color: red; font-weight: bold">cpi の指定を忘れないこと！</span></html>\\ 例+      * tpr 自体は延長分を足し合わせた計算をするようになっている。.cpt を指定しないと最初から延長分までの計算をすることになるため、**cpi の指定を忘れないこと！**\\ 例
         * 0〜10 ns の計算をする .tpr に 10 ns を追加する convert-tpr を実行してできた NEXT.tpr を作成         * 0〜10 ns の計算をする .tpr に 10 ns を追加する convert-tpr を実行してできた NEXT.tpr を作成
           * ''gmx mdrun -s NEXT.tpr -deffnm DEFNAME'' -> 0〜20 ns の計算を実行           * ''gmx mdrun -s NEXT.tpr -deffnm DEFNAME'' -> 0〜20 ns の計算を実行
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  • 最終更新: 2018/12/04 10:32
  • by mumeiyamibito