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| 分子シミュレーション関連:gromacs:gromacs計算手順_ver.5 [2016/10/06 14:42] – mumeiyamibito | 分子シミュレーション関連:gromacs:gromacs計算手順_ver.5 [2024/11/25 12:55] (現在) – [MD 計算の延長] mumeiyamibito | ||
|---|---|---|---|
| 行 6: | 行 6: | ||
| ===== 手順 ===== | ===== 手順 ===== | ||
| ==== 通常 ==== | ==== 通常 ==== | ||
| - | + | - PDB ファイルを GRO ファイルに変換する。\\ <code bash>$ gmx pdb2gmx -f PROTEIN.pdb -o PROTEIN.gro -p PROTEIN.top -ff amber14sb -water tip3p</ | |
| - | <note warning>書きかけ</note> | + | * '' |
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * オプション (指定しなかった場合は、対話的に情報を求められる) | ||
| + | * '' | ||
| + | * 力場はカレントディレクトリとデフォルトのディレクトリから参照される。 | ||
| + | * Ubuntu のリポジトリからインストールした場合、デフォルトの力場ディレクトリは ''/ | ||
| + | * '' | ||
| + | - 周期境界ボックスを設定する。 | ||
| + | * ボックスの壁面からの距離で指定する場合\\ | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * ボックスサイズを指定する場合 \\ <code bash>$ gmx editconf -f PROTEIN.gro -o PROTEIN_box.gro -box 7.5 6.7 6.9</ | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * この他にも頂点の角度指定や中心座標指定、平行移動や回転などのオプションが使える。 | ||
| + | - 溶媒分子 (水分子) を追加する。\\ <code bash>$ gmx solvate -cp PROTEIN_box.gro -cs spc216 -o PROTEIN_solv.gro -p PROTEIN.top</ | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | - 系の電荷を中和するため、イオンを追加する。\\ <code bash>$ gmx grompp -f ions.mdp -c PROTEIN_solv.gro -p PROTEIN.top -o ions.tpr | ||
| + | $ gmx genion -s ions.tpr -o PROTEIN_system.gro -p PROTEIN.top -pname NA -np NP -nname CL -nn NN</code> | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | integrator | ||
| + | emtol = 1000.0 | ||
| + | emstep | ||
| + | nsteps | ||
| + | nstlist | ||
| + | ns_type | ||
| + | rlist = 1.0 | ||
| + | coulombtype | ||
| + | rcoulomb | ||
| + | nstlog | ||
| + | pbc = xyz | ||
| + | vdwtype | ||
| + | constraints | ||
| + | cutoff-scheme = Verlet | ||
| + | </ | ||
| + | - VMD などで構造を確認する。 | ||
| + | - トポロジーバイナリファイルを作成する。\\ <code bash>$ gmx grompp -f EM.mdp -c PROTEIN_system.gro -p PROTEIN.top -o PROTEIN_em.tpr</ | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | - Gromacs で実行する。\\ <code bash>$ gmx mdrun [OPTION]</ | ||
| + | * OPTION | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * 並列計算関係 | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * OpenMP と MPI の違いの参考サイト: | ||
| + | * 自動検出 (0) だと、計算機の CPU 数をフルに使うように計算する。\\ 8 CPU の計算機 1 台の例 | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * 参考サイト: | ||
| ==== MD 計算の延長 ==== | ==== MD 計算の延長 ==== | ||
| * MD 計算の計算時間を延長したい場合に使う (tpbconv が廃止され、convert-tpr に置き換わった) | * MD 計算の計算時間を延長したい場合に使う (tpbconv が廃止され、convert-tpr に置き換わった) | ||
| - | - 延長分の入力ファイルの作成\\ <code bash>$ gmx convert-tpr -s PREVIOUS.tpr -extend TIME -o NEXT.tpr</ | + | - MD 時間を延長した入力ファイルの作成\\ <code bash>$ gmx convert-tpr -s PREVIOUS.tpr -extend TIME -o NEXT.tpr</ |
| * '' | * '' | ||
| * '' | * '' | ||
| * '' | * '' | ||
| - | - 計算開始\\ <code bash>$ gmx mdrun -deffnm | + | - 計算開始\\ <code bash>$ gmx mdrun -s NEXT.tpr -deffnm DEFNAME -cpi PREVIOUS.cpt</ |
| - | * 通常の計算と同様に実行する (NEXT.tpr を使って計算をする) | + | * '' |
| + | * '' | ||
| + | * 前の計算で指定した '' | ||
| + | * '' | ||
| + | * PREVIOUS.cpt は前の計算が完了した際に作成されている | ||
| + | * tpr 自体は延長分を足し合わせた計算をするようになっている。.cpt を指定しないと最初から延長分までの計算をすることになるため、**cpi の指定を忘れないこと！**\\ 例 | ||
| + | * 0〜10 ns の計算をする .tpr に 10 ns を追加する convert-tpr を実行してできた NEXT.tpr を作成 | ||
| + | * '' | ||
| + | * '' | ||
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