解析のためのTips

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MD 計算で得られたファイルの扱い方

特定の領域の選択肢を新規作成する方法

周期境界条件でループしないトラジェクトリの作成

周期境界条件では、溶質分子がボックスの外に出た場合、外に出た部分は反対側のボックスの壁から現れるように扱っている。
計算上は問題ないが、ビューアで分子を見ると、結合情報を基に表現された分子は、ボックスの外に出た部分がボックスの両端の壁で結合されているように表示され、とんでもない構造になる
ボックスの境界をまたいだ分子を正常に表示するトラジェクトリの処理方法を紹介する

ジャンプしないトラジェクトリの作成
```
$ gmx trjconv -f INPUT.trr -s TOPOL.tpr -o OUTPUT.trr -pbc nojump
```
- INPUT.trr は入力トラジェクトリ (.xtc でも可)
- TOPOL.tpr は入力トラジェクトリに対応するトポロジーファイル
  境界をまたいでいない構造 (最適化時に作成した .tpr など) が好ましい。
- OUTPUT.trr は出力トラジェクトリ (.xtc でも可)
- 実行すると、出力する部位を尋ねられるので、数字で答える
  出力する部位が選択肢にない場合は、-n index.ndx で .ndx ファイルを指定する → ndx ファイルの作り方
特定の分子を画面の中央に配置するトラジェクトリの作成
さらに溶質を中央に配置したい場合はこの操作を行う
```
$ gmx trjconv -f INPUT.trr -s TOPOL.tpr -o OUTPUT.trr -center -pbc mol
```
- INPUT.trr は入力トラジェクトリ (.xtc でも可)
  前の操作の OUTPUT.trr がここに入る。
- TOPOL.tpr は入力トラジェクトリに対応するトポロジーファイル
  境界をまたいでいない構造 (最適化時に作成した .tpr など) が好ましい。前の操作の -s TOPOL.tpr と同じ。
- OUTPUT.trr は出力トラジェクトリ (.xtc でも可)
- 実行すると、出力する部位を尋ねられるので、数字で答える
  出力する部位が選択肢にない場合は、-n index.ndx で .ndx ファイルを指定する → ndx ファイルの作り方