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| 分子シミュレーション関連:gromacs:amber_と_gromacs_ファイルの変換 [2017/03/06 13:37] – [出力ファイルの変換 (Gromacs→AMBER)] mumeiyamibito | 分子シミュレーション関連:gromacs:amber_と_gromacs_ファイルの変換 [2017/04/18 19:16] (現在) – [出力ファイルの変換 (Gromacs→AMBER)] mumeiyamibito | ||
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| ==== 出力ファイルの変換 (Gromacs→AMBER) ==== | ==== 出力ファイルの変換 (Gromacs→AMBER) ==== | ||
| * Gromacs での計算で、1bna_md.trr (トラジェクトリファイル) が出力された場合 | * Gromacs での計算で、1bna_md.trr (トラジェクトリファイル) が出力された場合 | ||
| - | - 周期境界で分子がジャンプしないようにする\\ <code bash>$ gmx trjconv -s 1bna_md.tpr -f 1bna_md.trr -o 1bna_nojump.trr -pbc nojump</ | + | - 周期境界で分子がジャンプしないようにする\\ <code bash>$ gmx trjconv -s 1bna_md.tpr -f 1bna_md.trr -o 1bna_nojump.trr -pbc nojump |
| * '' | * '' | ||
| * '' | * '' | ||
| - | - 中央に指定した分子を配置する\\ <code bash>$ gmx trjconv -s 1bna_md.tpr -f 1bna_nojump.trr -o 1bna_nojump-center.trr -center -pbc mol -ur compact</ | + | - 特定の分子を中央に配置したボックス状の系を作成する\\ <code bash>$ gmx trjconv -s 1bna_md.tpr -f 1bna_nojump.trr -o 1bna_nojump-center.trr -center -pbc mol -ur compact</ |
| * '' | * '' | ||
| * '' | * '' | ||
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| > quit | > quit | ||
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| * '' | * '' | ||
| * parmed は、AmberTools に入っている変換ツール | * parmed は、AmberTools に入っている変換ツール | ||
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| * [[http:// | * [[http:// | ||
| * [[http:// | * [[http:// | ||
| + | * [[http:// | ||
| {{tag> | {{tag> | ||