分子シミュレーション関連:gromacs:amber_と_gromacs_ファイルの変換

差分

このページの2つのバージョン間の差分を表示します。

この比較画面へのリンク

両方とも前のリビジョン 前のリビジョン
次のリビジョン		 前のリビジョン
分子シミュレーション関連:gromacs:amber_と_gromacs_ファイルの変換 [2017/03/06 13:35] – [トポロジーファイルファイルの変換 (Gromacs→AMBER)] mumeiyamibito分子シミュレーション関連:gromacs:amber_と_gromacs_ファイルの変換 [2017/04/18 19:16] (現在) – [出力ファイルの変換 (Gromacs→AMBER)] mumeiyamibito
行 39: 行 39:
 ==== 出力ファイルの変換 (Gromacs→AMBER) ==== ==== 出力ファイルの変換 (Gromacs→AMBER) ====
   * Gromacs での計算で、1bna_md.trr (トラジェクトリファイル) が出力された場合   * Gromacs での計算で、1bna_md.trr (トラジェクトリファイル) が出力された場合
-  - 周期境界で分子がジャンプしないようにする\\ <code bash>$ gmx trjconv -s 1bna_md.tpr -f 1bna_md.trr -o 1bna_nojump.trr -pbc nojump</code>+  - 周期境界で分子がジャンプしないようにする\\ <code bash>$ gmx trjconv -s 1bna_md.tpr -f 1bna_md.trr -o 1bna_nojump.trr -pbc nojump -center</code>
     * ''1bna_md.tpr'': 計算に使った tpr ファイル (境界線を分子がまたいでないものが望ましいため、最適化のものを使うと良い)     * ''1bna_md.tpr'': 計算に使った tpr ファイル (境界線を分子がまたいでないものが望ましいため、最適化のものを使うと良い)
     * ''1bna_nojump.trr'': 出力ファイル     * ''1bna_nojump.trr'': 出力ファイル
-  - 中央に指定した分子を配置する\\ <code bash>$ gmx trjconv -s 1bna_md.tpr -f 1bna_nojump.trr -o 1bna_nojump-center.trr -center -pbc mol -ur compact</code>+  - 特定の分子を中央に配置したボックス状の系を作成する\\ <code bash>$ gmx trjconv -s 1bna_md.tpr -f 1bna_nojump.trr -o 1bna_nojump-center.trr -center -pbc mol -ur compact</code>
     * ''1bna_md.tpr'': 計算に使った tpr ファイル (境界線を分子がまたいでないものが望ましいため、最適化のものを使うと良い)     * ''1bna_md.tpr'': 計算に使った tpr ファイル (境界線を分子がまたいでないものが望ましいため、最適化のものを使うと良い)
     * ''1bna_nojump-center.trr'': 出力ファイル     * ''1bna_nojump-center.trr'': 出力ファイル
行 57: 行 57:
 > quit > quit
 </code> </code>
 +    * ''gromber'' には計算に用いた .top ファイルを指定する
     * ''1bna.prmtop'' が出力される     * ''1bna.prmtop'' が出力される
 +    * parmed は、AmberTools に入っている変換ツール
 +      * parmed を使わない prmtop ファイル (tleap などで再作成したもの) は、VMD で見ると、周期境界で分子がうまく処理されない。
   - あとは AMBER での解析を行う。   - あとは AMBER での解析を行う。
  
行 63: 行 66:
     * [[http://blog.livedoor.jp/ag_plusplus/archives/67925050.html | Ag++ : GROMACSトラジェクトリからAMBERトラジェクトリへの変換 続き]]     * [[http://blog.livedoor.jp/ag_plusplus/archives/67925050.html | Ag++ : GROMACSトラジェクトリからAMBERトラジェクトリへの変換 続き]]
     * [[http://www.ag.kagawa-u.ac.jp/charlesy/2016/12/16/gromacs%E5%BD%A2%E5%BC%8F%E3%81%AEtopology%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%81%AEamber%E5%BD%A2%E5%BC%8F%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%A4%89%E6%8F%9B/ | GROMACS形式のTopologyファイルのAMBER形式への変換 – 香川大学農学部 ケミカルバイオロジー研究室]]     * [[http://www.ag.kagawa-u.ac.jp/charlesy/2016/12/16/gromacs%E5%BD%A2%E5%BC%8F%E3%81%AEtopology%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%81%AEamber%E5%BD%A2%E5%BC%8F%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%A4%89%E6%8F%9B/ | GROMACS形式のTopologyファイルのAMBER形式への変換 – 香川大学農学部 ケミカルバイオロジー研究室]]
 +    * [[http://biophysics.med.jhmi.edu/~yliu120/tutorials.html | Tutorials]]
  
  
 {{tag>Linux 分子シミュレーション アプリケーション}} {{tag>Linux 分子シミュレーション アプリケーション}}
  • 分子シミュレーション関連/gromacs/amber_と_gromacs_ファイルの変換.1488774918.txt.gz
  • 最終更新: 2017/03/06 13:35
  • by mumeiyamibito