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--- 分子シミュレーション関連:gromacs:amber_と_gromacs_ファイルの変換 [2016/08/26 11:22] – [出力ファイルの変換 (Gromacs→AMBER)] mumeiyamibito
+++ 分子シミュレーション関連:gromacs:amber_と_gromacs_ファイルの変換 [2017/04/18 19:16] (現在) – [出力ファイルの変換 (Gromacs→AMBER)] mumeiyamibito
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 $ svn checkout http://ccpn.svn.sourceforge.net/svnroot/ccpn/branches/stable/ccpn/python/acpype acpype</code>
     * パスを通しておくと以後便利になる (今回はパスを通さない方法で行う)
-  - 入力ファイルの作成\\ <code bash>$ tleap -f /opt/amber16/dat/leap/cmd/oldff/leaprc.ff14SB -f /opt/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.gaff -f /opt/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.water.tip3p
+  - 入力ファイルの作成\\ <code bash>$ cd ~/test
+$ tleap -f /opt/amber16/dat/leap/cmd/oldff/leaprc.ff14SB -f /opt/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.gaff -f /opt/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.water.tip3p
 > complex = loadpdb 1bna.pdb
 > check complex
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   * 通常の Gromacs の計算と同じ
 ==== 出力ファイルの変換 (Gromacs→AMBER) ====
-  * Gromacs での計算で、1bna_md.trr (トラジェクトリファイル) が出力された場合\\ <code bash>$ cpptraj
+  * Gromacs での計算で、1bna_md.trr (トラジェクトリファイル) が出力された場合
+  - 周期境界で分子がジャンプしないようにする\\ <code bash>$ gmx trjconv -s 1bna_md.tpr -f 1bna_md.trr -o 1bna_nojump.trr -pbc nojump -center</code>
+    * ''1bna_md.tpr'': 計算に使った tpr ファイル (境界線を分子がまたいでないものが望ましいため、最適化のものを使うと良い)
+    * ''1bna_nojump.trr'': 出力ファイル
+  - 特定の分子を中央に配置したボックス状の系を作成する\\ <code bash>$ gmx trjconv -s 1bna_md.tpr -f 1bna_nojump.trr -o 1bna_nojump-center.trr -center -pbc mol -ur compact</code>
+    * ''1bna_md.tpr'': 計算に使った tpr ファイル (境界線を分子がまたいでないものが望ましいため、最適化のものを使うと良い)
+    * ''1bna_nojump-center.trr'': 出力ファイル
+  - トラジェクトリの変換\\ <code bash>$ cpptraj
 > parm 1bna.prmtop
-> trajin 1bna_md.trr
+> trajin 1bna_md_nojump-center.trr
-> autoimage
 > trajout 1bna_md.nc netcdf
 > go
 </code>
-    * ''1bna_md.nc'' が出力されるので、あとは AMBER での解析を行う。
+    * ''1bna_md.nc'' が出力される
+  - トポロジーファイルの変換\\ <code bash>$ parmed
+> gromber 1bna.top
+> outparm 1bna.prmtop
+> quit
+</code>
+    * ''gromber'' には計算に用いた .top ファイルを指定する
+    * ''1bna.prmtop'' が出力される
+    * parmed は、AmberTools に入っている変換ツール
+      * parmed を使わない prmtop ファイル (tleap などで再作成したもの) は、VMD で見ると、周期境界で分子がうまく処理されない。
+  - あとは AMBER での解析を行う。
+  * 参考サイト:
+    * [[http://blog.livedoor.jp/ag_plusplus/archives/67925050.html | Ag++ : GROMACSトラジェクトリからAMBERトラジェクトリへの変換 続き]]
+    * [[http://www.ag.kagawa-u.ac.jp/charlesy/2016/12/16/gromacs%E5%BD%A2%E5%BC%8F%E3%81%AEtopology%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%81%AEamber%E5%BD%A2%E5%BC%8F%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%A4%89%E6%8F%9B/ | GROMACS形式のTopologyファイルのAMBER形式への変換 – 香川大学農学部 ケミカルバイオロジー研究室]]
+    * [[http://biophysics.med.jhmi.edu/~yliu120/tutorials.html | Tutorials]]
-  * 参考サイト: [[http://blog.livedoor.jp/ag_plusplus/archives/67925050.html | Ag++ : GROMACSトラジェクトリからAMBERトラジェクトリへの変換 続き]]
+{{tag>Linux 分子シミュレーション アプリケーション}}