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AMBER
概要
- 分子動力学 (Molecular Dynamics; MD) 計算プログラム
- MD エンジンは、2 年に一度 (偶数年) リリースされるらしい。
- AMBER の入力ファイル作成や解析に必要なツール AmberTools は毎年リリースされるらしい。
- MD エンジンは有償
- もともと sander と呼ばれる実行プログラムが MD エンジンだったが、それより高速に計算できる PMEMD がリリースされた。
- PMEMD は、sander の一部機能を削り、高速化を重視しているらしい。
- とはいえ、普通に使う分にはあまり支障がないのだが…。
- 高速に計算する MD エンジン PMEMD は有償のままだが、sander は AmberTools に付属され、無償化している。
Ag++ : Mac OSにAmberTools 14をインストール
- AmberTools は無償
インストール方法
- AMBER12 以降の gcc を使った実行ファイルの作成方法
- ここでは、AmberTools のインストール方法を紹介する
- ただし、AmberTools を展開したディレクトリに PMEMD を含む AMBER 本体を展開すると、同時にインストールすることができる
- PMEMD を含む AMBER 本体と AmberTools のパッケージファイルは展開すると、amberxx (xx はバージョン) と同名のディレクトリが展開される
- ここではインストール場所を /opt とする
- 必要パッケージのインストール
$ sudo apt-get install build-essential flex bison tcsh gfortran g++ libbz2-dev libopenmpi-dev openmpi-bin python-tk python-dev python-matplotlib python-numpy python-scipy libtool patch autoconf automake python-mpi4py openssh-client openssh-server netpbm pymol libnetcdf-dev gromacs gromacs-mpich gromacs-openmpi mpich2 mpi-default-bin mpi-default-dev xorg-dev
- xorg-dev は xleap を使うために必要 (xleap を使わない場合、xorg-dev の他、この後の configure で -noX オプションをつけること)
- AMBER パッケージの入手
- AmberTools: The Amber Molecular Dynamics Package
- 所属や名前を入力してダウンロード
- ここではホームディレクトリにダウンロードしたとする
- PMEMD を含む AMBER 本体は日本だと コンフレックス株式会社 が代理販売しているので、そこから購入する
- AmberTools パッケージの展開
$ cd /opt $ tar axvf ~/AmberTools16.tar.bz2 $ export AMBERHOME=/opt/amber16
- /opt/amber16 は AmberTools のバージョンによって変わるので適宜変更する
- インストール設定 (CPU が 1 つの場合)
$ ./configure gnu
- 実行ファイルコンパイル
$ make
- 計算機に複数の CPU が搭載されている場合は、
-j CPU数をオプションとして指定すると並列でコンパイルするので短時間で終わる
- インストール設定 (CPU が複数個の場合は追加で以下の作業もする)
$ make clean $ ./configure -mpi gnu
- 実行ファイルコンパイル
$ make
- 計算機に複数の CPU が搭載されている場合は、
-j CPU数をオプションとして指定すると並列でコンパイルするので短時間で終わる
- 以下をシェルの設定ファイル (.bashrc や .zshrc) に追記して使えるように設定
if [ -d /opt/amber16 ]; then export AMBERHOME=/opt/amber16 if [ -f /opt/amber16/amber.sh ]; then source /opt/amber16/amber.sh fi fi
- /opt/amber16 は AmberTools のバージョンによって変わるので適宜変更する
- Amber12 より前のバージョン(?)では、ここの指定の仕方が変わるので注意
- /opt/amber16/amber.sh は、環境変数やライブラリパスの追加をしてくれるスクリプトである