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| 分子シミュレーション関連:amber [2016/09/09 11:47] – [入力ファイル作成] mumeiyamibito | 分子シミュレーション関連:amber [2018/02/05 10:00] (現在) – [内容] mumeiyamibito | ||
|---|---|---|---|
| 行 11: | 行 11: | ||
| * AmberTools は無償 | * AmberTools は無償 | ||
| - | ===== インストール方法 | + | ===== 内容 |
| - | * AMBER12 以降の gcc を使った実行ファイルの作成方法 | + | * [[分子シミュレーション関連/ |
| - | * ここでは、AmberTools のインストール方法を紹介する | + | * [[分子シミュレーション関連/AMBER/入力ファイルの作成]] |
| - | * ただし、AmberTools を展開したディレクトリに PMEMD を含む AMBER 本体を展開すると、同時にインストールすることができる | + | * [[分子シミュレーション関連/ |
| - | * PMEMD を含む | + | * [[分子シミュレーション関連/AMBER/ |
| - | * ここではインストール場所を | + | |
| - | - 必要パッケージのインストール\\ <code bash> | ||
| - | $ sudo apt-get install build-essential flex bison tcsh gfortran g++ libbz2-dev libopenmpi-dev openmpi-bin python-tk python-dev python-matplotlib python-numpy python-scipy libtool patch autoconf automake python-mpi4py openssh-client openssh-server netpbm pymol libnetcdf-dev gromacs gromacs-mpich gromacs-openmpi mpich2 mpi-default-bin mpi-default-dev xorg-dev | ||
| - | </ | ||
| - | * xorg-dev は xleap を使うために必要 (xleap を使わない場合、xorg-dev の他、この後の configure で -noX オプションをつけること) | ||
| - | - AMBER パッケージの入手 | ||
| - | * AmberTools: [[http:// | ||
| - | * 所属や名前を入力してダウンロード | ||
| - | * ここではホームディレクトリにダウンロードしたとする | ||
| - | * PMEMD を含む AMBER 本体は日本だと [[http:// | ||
| - | - AmberTools パッケージの展開\\ <code bash> | ||
| - | $ cd /opt | ||
| - | $ tar axvf ~/ | ||
| - | $ export AMBERHOME=/ | ||
| - | </ | ||
| - | * / | ||
| - | - インストール設定 (CPU が 1 つの場合) \\ <code bash>$ ./configure gnu</ | ||
| - | - 実行ファイルコンパイル\\ <code bash>$ make</ | ||
| - | * 計算機に複数の CPU が搭載されている場合は、'' | ||
| - | - インストール設定 (CPU が複数個の場合は追加で以下の作業もする) \\ <code bash> | ||
| - | $ make clean | ||
| - | $ ./configure -mpi gnu</ | ||
| - | - 実行ファイルコンパイル\\ <code bash>$ make</ | ||
| - | * 計算機に複数の CPU が搭載されている場合は、'' | ||
| - | - 以下をシェルの設定ファイル (.bashrc や .zshrc) に追記して使えるように設定\\ <code bash> | ||
| - | if [ -d / | ||
| - | export AMBERHOME=/ | ||
| - | if [ -f / | ||
| - | source / | ||
| - | fi | ||
| - | fi | ||
| - | </ | ||
| - | * / | ||
| - | * Amber12 より前のバージョン(? | ||
| - | * / | ||
| - | |||
| - | * 参考サイト: | ||
| - | |||
| - | ===== 入力ファイル作成 ===== | ||
| - | * 入力ファイルの作成には '' | ||
| - | * ここでは、hoge.pdb という構造ファイルから、Amber14SB 力場を指定した入力ファイルを作成する | ||
| - | * 特殊な残基 (リガンドなど) を含まない系 ()\\ <code bash>$ tleap | ||
| - | > source / | ||
| - | > system = loadpdb hoge.pdb | ||
| - | > check system | ||
| - | > addions2 system K+ 0 | ||
| - | > solvatebox system TIP3PBOX 20.0 | ||
| - | > saveamberparm system hoge.prmtop hoge.inpcrd | ||
| - | </ | ||
| - | * '' | ||
| - | * パラメータファイルは $AMBERHOME/ | ||
| - | * tleap 実行時に -f オプションでパラメータファイルを指定すると、この source コマンドは不要 | ||
| - | * ' | ||
| - | * ここで指定した '' | ||
| - | * '' | ||
| - | * 構造に問題があると、ここでエラーや warning が表示される (エラーが出た場合は、'' | ||
| - | * '' | ||
| - | * '' | ||
| - | * '' | ||
| - | * 第1引数: 系を指定する変数 | ||
| - | * 第2引数: 追加するイオン | ||
| - | * 第3引数: イオンの個数 (0 を指定すると、電荷が 0 になるようにイオンが追加される) | ||
| - | * 第4引数: 追加する別のイオン | ||
| - | * 第5引数: 追加する別のイオンの個数 (0 を指定すると、電荷が 0 になるようにイオンが追加される) | ||
| - | * '' | ||
| - | * 第1引数: 系を指定する変数 | ||
| - | * 第2引数: 水分子のモデルの指定 ('' | ||
| - | * 第3引数: 溶質からの水分子の厚さ(Å) (ここでは、溶質から 20 Å を指定している) | ||
| - | * '' | ||
| - | * 第1引数: 系を指定する変数 | ||
| - | * 第2引数: パラメータファイル (MD計算で使う) | ||
| - | * 第3引数: 構造ファイル (MD計算で使う) | ||
| - | |||
| - | * リガンド (通常の力場に含まれない低分子) を含む系 | ||
| - | <note warning> | ||
| - | |||
| - | |||
| - | * 特殊残基 (通常の力場に含まれない残基が結合している) を含む系 | ||
| - | <note warning> | ||
| - | |||
| - | |||
| - | * 周期境界ボックスのサイズを指定する場合 (溶液のイオン濃度を指定する場合) | ||
| - | - 中心座標の取得\\ <code bash>$ tleap | ||
| - | > source / | ||
| - | > system = loadpdb hoge.pdb | ||
| - | > check system | ||
| - | > center system | ||
| - | > quit | ||
| - | </ | ||
| - | * '' | ||
| - | - 入力ファイルの作成\\ <code bash>$ tleap | ||
| - | > source / | ||
| - | > system = loadpdb hoge.pdb | ||
| - | > set system box {X Y Z} | ||
| - | > translate system {コピーした座標にそれぞれ -1 をかけた座標} | ||
| - | > addions2 system K+ 0 | ||
| - | > solvatebox system TIP3PBOX 0.1 | ||
| - | > saveamberparm system hoge.prmtop hoge.inpcrd | ||
| - | </ | ||
| - | * '' | ||
| - | * '' | ||
| - | * '' | ||
| - | * '' | ||
| - | * 参考サイト: | ||
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