解析方法

文書の過去の版を表示しています。

指定された対象の RMSD の経時変化を解析する
$RMSD = \frac {1} {N} \sqrt{\sum_{i = 1}^{N} (a_i - b_i)^2}$
cpptraj に同梱のパッケージで解析ができる
パラメータファイル (test.prmtop) と座標ファイル (test.inpcrd / *.nc / *.mdcrd) が必要
対象 TARGET_MASK の RMSD を測定する
```
$ cpptraj
> parm test.prmtop
> trajin test.inpcrd
> rms TARGET_MASK first [mass] out OUTPUT [time TIME] [FITTING_MASK]
> go
```
- TARGET_MASK: 対象のマスク
- first: 最初のフレームをリファレンスにする
- OUTPUT: 出力ファイル
- time: 各時間の刻み幅
- FITTING_MASK: 指定されたアトムタイプでフィッティングする (指定しなければ、TARGET_MASK でフィッティングされる)

指定された対象の RMSF を解析する
RMSF はゆらぎのパラメータ
cpptraj に同梱のパッケージで解析ができる
パラメータファイル (test.prmtop) と座標ファイル (test.inpcrd / *.nc / *.mdcrd) が必要
```
$ cpptraj
> parm test.prmtop
> trajin test.inpcrd
> atomicfluct out OUTPUT [byres]
> go
```
- OUTPUT: 出力ファイル
- byres: 各残基ごとに出力

指定された対象の水素結合数の経時変化を解析する
cpptraj に同梱のパッケージで解析ができる
パラメータファイル (test.prmtop) と座標ファイル (test.inpcrd / *.nc / *.mdcrd) が必要
```
$ cpptraj
> parm test.prmtop
> trajin test.inpcrd
> hbond angle ANGLE dist DISTANCE donarmask DONAR_MASK acceptormask ACCEPTOR_MASK out OUTPUT solvout OUTPUT_SOLV bridgeout OUTPUT_BRIDGE avgout OUTPUT_AVG
> go
```
- ANGLE: 水素結合の角度 (デフォルト: 135.0°)
- DISTANCE: 水素結合の距離 (デフォルト: 3.5 Å)
- DONAR_MASK: 水素結合ドナーのマスク (酸素や窒素などの水素原子を受け取る側)
- ACCEPTOR_MASK: 水素結合アクセプターのマスク (水素原子が付いている側)
- OUTPUT: 出力ファイル
- OUTPUT_SOLV: 溶質-溶質水素結合の平均？
- OUTPUT_BRIDGE: 溶媒水素結合ブリッジ？
- OUTPUT_AVG: 溶質間の水素結合 (結合しているアトムタイプも出力される)

1

$ cpptraj
> parm test.prmtop
> trajin test.inpcrd
> hbond angle 135.0 dist 3.5 \
mask :D* \
solventdonar :EG@O* \
solventacceptor :EG@O* \
out A.dat \
solvout B.dat \
bridgeout C.dat \
avgout D.dat
> go

2

$ cpptraj
> parm test.prmtop
> trajin test.inpcrd
> hbond angle 135.0 dist 3.0 \
donarmask :4 \
acceptormask :1-3,5-15 \
out X4d.dat \
solvout X4d_solv.dat \
bridgeout X4d_bridge.dat \
avgout X4d_avg.dat
> go

hbond はバッチ処理では、そのままでは何度も使えないため、各処理毎 (go の後) に clear dataset datafile を付けて、連続処理する。

http://wadano-net.com/manual_files/amber12_wj.pdf

指定された対象の周囲の水分子数をカウントする
cpptraj に同梱のパッケージで解析ができる
パラメータファイル (test.prmtop) と座標ファイル (test.inpcrd / *.nc / *.mdcrd) が必要
```
$ cpptraj
> parm test.prmtop
> trajin test.inpcrd
> watershell SOLUTE_MASK out OUTPUT [lower SHELL1_DIST] [upper SHELL2_DIST] [SOLVENT_MASK]
> go
```
- SOLUTE_MASK: 溶質のマスク
- OUTPUT: 出力ファイル
- SHELL1_DIST: 第一水和圏の距離 (デフォルト: 3.4 Å)
- SHELL2_DIST: 第二水和圏の距離 (デフォルト: 5.0 Å)
- SOLVENT_MASK: 溶媒のマスク (Gromacs はデフォルトで水分子が :SOL なので指定しておいたほうが良い)

指定された対象間の距離の経時変化を解析する
cpptraj に同梱のパッケージで解析ができる
パラメータファイル (test.prmtop) と座標ファイル (test.inpcrd / *.nc / *.mdcrd) が必要
対象1 TARGET1_MASK と対象2 TARGET2_MASK の重心 (中心) 間の距離を測定する
```
$ cpptraj
> parm test.prmtop
> trajin test.inpcrd
> distance TARGET1_MASK TARGET2_MASK out OUTPUT [geom]
> go
```
- TARGET1_MASK: 対象1のマスク
- TARGET2_MASK: 対象2のマスク
- OUTPUT: 出力ファイル
- geom: 幾何学的中心で測定 (指定しなければ、重心で測定)

生体分子に関わらず、与えられたデータをカーブフィッティングする。
```
curvefit DATASET_NAME EQUATION INITIAL_VAL out OUTPUT.dat tol TOLERANCE maxit ITER resultsout PARAM.dat
```
- DATASET_NAME: データセット名 (readdata で読み込んだファイルのデータセット名)
- EQUATION: フィッティングする関数
- INITIAL_VAL: フィティング関数に初めに与える初期値
- OUTPUT.dat: フィッティング後のデータセットを出力するファイル
- TOLERANCE: フィッティングの閾値
- ITER: フィッティングのループ回数
- PARAM.dat: フィッティング結果を出力するファイル (フィッティング関数で決定した係数や誤差など)

例: 一次関数でフィッティングする場合

$ cpptraj
> readdata "data.dat"
> runanalysis curvefit "data.dat" \
	"FitY = A0 * X + A1" \
	A0=10 A1=20 \
	out "curve.dat" \
	tol 0.001 \
	maxit 50 \
	resultsout "param.dat"
> go

参考サイト:
- curvefit – AMBER-hub

Linux, 分子シミュレーション, アプリケーション

解析方法

RMSD 解析

RMSF解析

水素結合解析

例

注意

参考サイト

水和水分析

距離解析

カーブフィッティング

無銘闇人の備忘録