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解析方法
RMSD 解析
- 指定された対象の RMSD の経時変化を解析する
cpptrajに同梱のパッケージで解析ができる- パラメータファイル (
test.prmtop) と座標ファイル (test.inpcrd/*.nc/*.mdcrd) が必要 - 対象
TARGET_MASKの RMSD を測定する
$ cpptraj > parm test.prmtop > trajin test.inpcrd > rms TARGET_MASK first [mass] out OUTPUT [time TIME] [FITTING_MASK] > go
TARGET_MASK: 対象のマスクfirst: 最初のフレームをリファレンスにするOUTPUT: 出力ファイルtime: 各時間の刻み幅FITTING_MASK: 指定されたアトムタイプでフィッティングする (指定しなければ、TARGET_MASKでフィッティングされる)
RMSF解析
- 指定された対象の RMSF を解析する
- RMSF はゆらぎのパラメータ
cpptrajに同梱のパッケージで解析ができる- パラメータファイル (
test.prmtop) と座標ファイル (test.inpcrd/*.nc/*.mdcrd) が必要
$ cpptraj > parm test.prmtop > trajin test.inpcrd > atomicfluct out OUTPUT [byres] > go
OUTPUT: 出力ファイルbyres: 各残基ごとに出力
水素結合解析
- 指定された対象の水素結合数の経時変化を解析する
cpptrajに同梱のパッケージで解析ができる- パラメータファイル (
test.prmtop) と座標ファイル (test.inpcrd/*.nc/*.mdcrd) が必要
$ cpptraj > parm test.prmtop > trajin test.inpcrd > hbond angle ANGLE dist DISTANCE donarmask DONAR_MASK acceptormask ACCEPTOR_MASK out OUTPUT solvout OUTPUT_SOLV bridgeout OUTPUT_BRIDGE avgout OUTPUT_AVG > go
ANGOLE: 水素結合の角度 (デフォルト: 135.0°)DISTANCE: 水素結合の距離 (デフォルト: 3.5 Å)DONAR_MASK: 水素結合ドナーのマスク (酸素や窒素などの水素原子を受け取る側)ACCEPTOR_MASK: 水素結合アクセプターのマスク (水素原子が付いている側)OUTPUT: 出力ファイルOUTPUT_SOLV: 溶質-溶質水素結合の平均？OUTPUT_BRIDGE: 溶媒水素結合ブリッジ？OUTPUT_AVG: 溶質間の水素結合 (結合しているアトムタイプも出力される)
例
- 1
$ cpptraj > parm test.prmtop > trajin test.inpcrd > hbond angle 135.0 dist 3.5 \ mask :D* \ solventdonar :EG@O* \ solventacceptor :EG@O* \ out A.dat \ solvout B.dat \ bridgeout C.dat \ avgout D.dat > go
- 2
$ cpptraj > parm test.prmtop > trajin test.inpcrd hbond angle 135.0 dist 3.0 \ donarmask :4 \ acceptormask :1-3,5-15 \ out X4d.dat \ solvout X4d_solv.dat \ bridgeout X4d_bridge.dat \ avgout X4d_avg.dat > go
注意
- hbond はバッチ処理では、そのままでは何度も使えないため、各処理毎 (go の後) に clear dataset datafile を付けて、連続処理する。