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解析方法
RMSD 解析
- 指定された対象の RMSD の経時変化を解析する
cpptrajに同梱のパッケージで解析ができる- パラメータファイル (
test.prmtop) と座標ファイル (test.inpcrd/*.nc/*.mdcrd) が必要 - 対象
TARGET_MASKの RMSD を測定する
$ cpptraj > parm test.prmtop > trajin test.inpcrd > rms TARGET_MASK first [mass] out OUTPUT [time TIME] [FITTING_MASK] > go
TARGET_MASK: 対象のマスクfirst: 最初のフレームをリファレンスにするOUTPUT: 出力ファイルtime: 各時間の刻み幅FITTING_MASK: 指定されたアトムタイプでフィッティングする (指定しなければ、TARGET_MASKでフィッティングされる)
RMSF解析
- 指定された対象の RMSF を解析する
- RMSF はゆらぎのパラメータ
cpptrajに同梱のパッケージで解析ができる- パラメータファイル (
test.prmtop) と座標ファイル (test.inpcrd/*.nc/*.mdcrd) が必要
$ cpptraj > parm test.prmtop > trajin test.inpcrd > atomicfluct out OUTPUT [byres] > go
OUTPUT: 出力ファイルbyres: 各残基ごとに出力