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| 分子シミュレーション関連:amber:ソフトウェア開発 [2016/10/17 14:09] – mumeiyamibito | 分子シミュレーション関連:amber:ソフトウェア開発 [2018/03/01 17:14] (現在) – [方法] mumeiyamibito | ||
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| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ====== 概要 | + | ====== AMBER 用 ソフトウェア開発 ====== |
| + | ===== 概要 ===== | ||
| * AMBER による MD 計算解析プログラム開発のための Tips | * AMBER による MD 計算解析プログラム開発のための Tips | ||
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| # frame 1 (2フレーム目) の全原子の座標 | # frame 1 (2フレーム目) の全原子の座標 | ||
| - | coord_frame = nc.variables[" | + | coord_frame = nc.variables[" |
| print(coord_frame) | print(coord_frame) | ||
| # frame 1 (2フレーム目) の 10 番目の原子の座標 | # frame 1 (2フレーム目) の 10 番目の原子の座標 | ||
| - | coord_atom10 = nc.variables[" | + | coord_atom10 = nc.variables[" |
| print(coord_atom10) | print(coord_atom10) | ||
| + | |||
| + | # frame 1 (2フレーム目) のセルサイズ | ||
| + | cell_length = nc.variables[" | ||
| nc.close() | nc.close() | ||
| </ | </ | ||
| - | * 与える引数は「文字列型」で与える | + | * 与える引数は |
| + | * 第一引数は「文字列型」で与える | ||
| + | * 第二引数以降は、int 型で与える (スライスによる範囲でデータを取得することも可能) | ||
| * 座標は Numpy の配列形式で返ってくる (リストにしたいなら .tolist() メソッドを使うと良い) | * 座標は Numpy の配列形式で返ってくる (リストにしたいなら .tolist() メソッドを使うと良い) | ||
| * 取得可能なデータ、返ってくる型は、参考サイトの nctaj.pdf の Example にあるデータを参照 | * 取得可能なデータ、返ってくる型は、参考サイトの nctaj.pdf の Example にあるデータを参照 | ||
| * 対象のトラジェクトリに記述されているデータは '' | * 対象のトラジェクトリに記述されているデータは '' | ||
| + | * | ||
| * 参考サイト | * 参考サイト | ||