分子シミュレーション関連:amber:インストール方法 [無銘闇人の備忘録]

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====== インストール方法 ======
  * AMBER12 以降の gcc を使った実行ファイルの作成方法
  * ここでは、AmberTools のインストール方法を紹介する
    * ただし、AmberTools を展開したディレクトリに PMEMD を含む AMBER 本体を展開すると、同時にインストールすることができる
    * PMEMD を含む AMBER 本体と AmberTools のパッケージファイルは展開すると、amber__xx__ (__xx__ はバージョン) と同名のディレクトリが展開される
  * ここではインストール場所を /opt とする

  - 必要パッケージのインストール\\ <code bash>
$ sudo apt-get install build-essential flex bison tcsh gfortran g++ libbz2-dev libopenmpi-dev openmpi-bin python-tk python-dev python-matplotlib python-numpy python-scipy libtool patch autoconf automake python-mpi4py openssh-client openssh-server netpbm pymol libnetcdf-dev mpich2 mpi-default-bin mpi-default-dev xorg-dev
</code>
    * xorg-dev は xleap を使うために必要 (xleap を使わない場合、xorg-dev の他、この後の configure で -noX オプションをつけること)
  - AMBER パッケージの入手
    * AmberTools: [[http://ambermd.org/ | The Amber Molecular Dynamics Package]]
      * 所属や名前を入力してダウンロード
      * ここではホームディレクトリにダウンロードしたとする
    * PMEMD を含む AMBER 本体は日本だと [[http://www.conflex.co.jp/ | コンフレックス株式会社]] が代理販売しているので、そこから購入する
  - AmberTools パッケージの展開\\ <code bash>
$ cd /opt
$ tar axvf ~/AmberTools16.tar.bz2
$ export AMBERHOME=/opt/amber16
</code>
    * /opt/amber16 は AmberTools のバージョンによって変わるので適宜変更する
  - インストール設定 (CPU が 1 つの場合) \\ <code bash>$ ./configure gnu</code>
  - 実行ファイルコンパイル\\ <code bash>$ make</code>
    * 計算機に複数の CPU が搭載されている場合は、''-j CPU数'' をオプションとして指定すると並列でコンパイルするので短時間で終わる
  - インストール設定 (CPU が複数個の場合は追加で以下の作業もする) \\ <code bash>
$ make clean
$ ./configure -mpi gnu</code>
  - 実行ファイルコンパイル\\ <code bash>$ make</code>
    * 計算機に複数の CPU が搭載されている場合は、''-j CPU数'' をオプションとして指定すると並列でコンパイルするので短時間で終わる
  - 以下をシェルの設定ファイル (.bashrc や .zshrc) に追記して使えるように設定\\ <code bash>
if [ -d /opt/amber16 ]; then
	export AMBERHOME=/opt/amber16
	if [ -f /opt/amber16/amber.sh ]; then
		source /opt/amber16/amber.sh
	fi
fi
</code>
    * /opt/amber16 は AmberTools のバージョンによって変わるので適宜変更する
      * Amber12 より前のバージョン(?)では、ここの指定の仕方が変わるので注意
    * /opt/amber16/amber.sh は、環境変数やライブラリパスの追加をしてくれるスクリプトである

  * 参考サイト: [[http://jswails.wikidot.com/installing-amber12-and-ambertools-13]]

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