分子シミュレーション関連:環境構築:torque_旧pbs:apt-getによる導入

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apt-getによる導入

  1. インストール
    $ sudo apt-get install torque-server torque-mom torque-client torque-scheduler
  2. 起動中の torque を終了させる
    1. 起動中の torque を確認
      $ ps -e | grep pbs
    2. root 権限で終了させる (service コマンドの stop や kill) する
      $ sudo service torque-mom stop
      $ sudo service torque-scheduler stop
      $ sudo service torque-server stop

      ※service コマンドで torque-server が終了しない場合

      $ sudo kill 24277

      24277 は、pbs_server の PID で ps -e | grep pbs で確認する

  3. 設定ディレクトリの設定
    $ sudo mkdir /var/spool/torque/server_priv
    $ sudo chmod 777 /var/spool/torque/spool /var/spool/torque/undelivered
    $ sudo chmod o+t /var/spool/torque/spool /var/spool/torque/undelivered
  4. サーバ名の設定
    $ sudoedit /etc/torque/server_name

    ホスト名を入れる

  5. 新たにサーバプロファイルを作成 (このコマンドを実行すると torque_server が起動する)
    $ sudo pbs_server -t create
  6. ノードの設定
    $ ps -e | grep pbs
    $ sudo kill xxxxx
    $ sudoedit /var/spool/torque/server_priv/nodes
    • 中には ノード名 np=CPU数、さらに必要であれば 名前 を列挙していく (名前は resources_default.neednodes で指定する際に便利)
    • 例:
      server np=8
      node1  np=4 fast
      node2  np=4 fast
      node3  np=2 slow
  7. ホスト名の設定
    $ sudoedit /etc/hosts
    • 127.0.0.1 は localhost からホスト名に変更
    • 127.0.1.1 はコメントアウト
    • ノードのホスト名も入れていく
  8. サーバやキューの設定 (設定ファイルを読み込ませる)
    $ sudo service torque-server start
    $ sudo qmgr < queue.conf
    • 設定ファイル (queue.conf) は以下の通り
      queue.conf
      #
      # Create queues and set their attributes.
      #
      #
      # Create and define queue F
      #
      create queue F
      set queue F queue_type = Execution
      set queue F resources_default.ncpus = 1
      set queue F resources_default.nodes = 1
      set queue F enabled = True
      set queue F started = True
      #
      # Create and define queue Q2
      #
      create queue Q2
      set queue Q2 queue_type = Execution
      set queue Q2 max_running = 1
      set queue Q2 resources_max.ncpus = 4
      set queue Q2 resources_max.nodes = 1
      set queue Q2 resources_default.ncpus = 1
      set queue Q2 resources_default.nodes = 1
      set queue Q2 resources_available.ncpus = 4
      set queue Q2 resources_available.nodes = 1
      set queue Q2 enabled = True
      set queue Q2 started = True
      #
      # Create and define queue Q4
      #
      create queue Q4
      set queue Q4 queue_type = Execution
      set queue Q4 max_running = 1
      set queue Q4 resources_max.ncpus = 4
      set queue Q4 resources_max.nodes = 1
      set queue Q4 resources_default.ncpus = 1
      set queue Q4 resources_default.nodes = 1
      set queue Q4 resources_available.ncpus = 4
      set queue Q4 resources_available.nodes = 1
      set queue Q4 enabled = True
      set queue Q4 started = True
      #
      # Create and define queue Q1
      #
      create queue Q1
      set queue Q1 queue_type = Execution
      set queue Q1 max_running = 1
      set queue Q1 resources_max.ncpus = 4
      set queue Q1 resources_max.nodes = 1
      set queue Q1 resources_default.ncpus = 1
      set queue Q1 resources_default.nodes = 1
      set queue Q1 resources_available.ncpus = 4
      set queue Q1 resources_available.nodes = 1
      set queue Q1 enabled = True
      set queue Q1 started = True
      #
      # Create and define queue Q3
      #
      create queue Q3
      set queue Q3 queue_type = Execution
      set queue Q3 max_running = 1
      set queue Q3 resources_max.ncpus = 4
      set queue Q3 resources_max.nodes = 1
      set queue Q3 resources_default.ncpus = 1
      set queue Q3 resources_default.nodes = 1
      set queue Q3 resources_available.ncpus = 4
      set queue Q3 resources_available.nodes = 1
      set queue Q3 enabled = True
      set queue Q3 started = True
      #
      # Set server attributes.
      #
      set server scheduling = True
      set server default_queue = F
      set server log_events = 511
      set server query_other_jobs = True
      set server scheduler_iteration = 600
      set server node_check_rate = 150
      set server tcp_timeout = 6
      set server node_pack = False
      set server allow_node_submit = True
    • F: 制限がないキュー
    • Q1〜Q4: 1 ジョブしか流せないキュー
  9. 起動
    $ sudo service torque-scheduler start
    $ sudo service torque-mom start
  10. サーバ名の確認
    $ qstat -q
  11. サーバの設定状況の確認
    $ pbsnodes -a
  12. テスト
    $ echo "sleep 30" | qsub
    $ qstat
  1. インストール
    $ sudo apt-get install torque-server torque-scheduler
  2. 起動中の torque を終了させる
    1. 起動中の torque を確認
      $ ps -e | grep pbs
    2. root 権限で終了させる (service コマンドの stop や kill) する
      $ sudo service torque-scheduler stop
      $ sudo service torque-server stop

      ※service コマンドで torque-server が終了しない場合

      $ sudo kill 24277

      24277 は、pbs_server の PID で ps -e | grep pbs で確認する

  3. 設定ディレクトリの設定
    $ sudo mkdir /var/spool/torque/server_priv
    $ sudo chmod 777 /var/spool/torque/spool /var/spool/torque/undelivered
    $ sudo chmod o+t /var/spool/torque/spool /var/spool/torque/undelivered
  4. サーバ名の設定
    $ sudoedit /etc/torque/server_name

    ホスト名を入れる

  5. 新たにサーバプロファイルを作成 (このコマンドを実行すると torque_server が起動する)
    $ sudo pbs_server -t create
  6. ノードの設定
    $ ps -e | grep pbs
    $ sudo kill xxxxx
    $ sudoedit /var/spool/torque/server_priv/nodes
    • 中には ノード名 np=CPU数、さらに必要であれば 名前 を列挙していく (名前は resources_default.neednodes で指定する際に便利)
    • 例:
      server np=8
      node1  np=4 fast
      node2  np=4 fast
      node3  np=2 slow
  7. ホスト名の設定
    $ sudoedit /etc/hosts
    • 127.0.0.1 は localhost からホスト名に変更
    • 127.0.1.1 はコメントアウト
    • ノードのホスト名も入れていく
  8. サーバやキューの設定 (設定ファイルを読み込ませる)
    $ sudo service torque-server start
    $ sudo qmgr < queue.conf

    queue.conf は「サーバ側(サーバでもジョブを処理させる場合」セクションの queue.conf を参照

  9. 起動
    $ sudo service torque-scheduler start
    $ sudo service torque-mom start
  10. サーバ名の確認
    $ qstat -q
  11. サーバの設定状況の確認
    $ pbsnodes -a
  12. テスト
    $ echo "sleep 30" | qsub
    $ qstat
  1. インストール
    $ sudo apt-get install torque-mom torque-client
  2. サーバ名の変更
    $ sudoedit /var/spool/torque/server_name

    サーバ名を記入

  3. ホスト名の設定
    $ sudoedit /etc/hosts
    • 127.0.0.1 は localhost からホスト名に変更
    • 127.0.1.1 はコメントアウト
    • ノードのホスト名も入れていく
  4. 再起動
    $ sudo service torque-mom restart
  5. サーバ名の確認
    $ qstat -q
  6. サーバの設定状況の確認
    $ pbsnodes -a
  • 分子シミュレーション関連/環境構築/torque_旧pbs/apt-getによる導入.1468898355.txt.gz
  • 最終更新: 2016/07/19 12:19
  • by mumeiyamibito