分子シミュレーション関連:環境構築:torque_旧pbs:コンパイルによる導入

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分子シミュレーション関連:環境構築:torque_旧pbs:コンパイルによる導入 [2016/07/19 12:30] – mumeiyamibito分子シミュレーション関連:環境構築:torque_旧pbs:コンパイルによる導入 [2017/03/28 17:50] (現在) – [GPUノードでの手順] mumeiyamibito
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 ====== コンパイルによる導入 ====== ====== コンパイルによる導入 ======
 +===== apt-get と異なる点 =====
 +  * apt-getによる導入 では、サーバとノードでインストールするパッケージが異なった
 +  * コンパイルによる導入では、サーバとノードに同じものをインストールするが、それぞれの実行ファイルの起動の ON/OFF を制御することで、サーバとノードを分ける
 +
 +===== 手順 =====
 <note warning>Torque 6.0.1 on Ubuntu 14.04 でのインストール手順です</note> <note warning>Torque 6.0.1 on Ubuntu 14.04 でのインストール手順です</note>
 +  - ホスト名の設定\\ <code bash>$ sudoedit /etc/hosts</code>
 +    * 127.0.0.1 は localhost からホスト名に変更
 +    * 127.0.1.1 はコメントアウト
 +    * ノードのホスト名も入れていく
   - パッケージを [[http://www.adaptivecomputing.com/products/open-source/torque/]] からダウンロード   - パッケージを [[http://www.adaptivecomputing.com/products/open-source/torque/]] からダウンロード
     * ここでは、「torque-6.0.1-1456945733_daea91b.tar.gz」というファイル名でホームにダウンロードしたとする)     * ここでは、「torque-6.0.1-1456945733_daea91b.tar.gz」というファイル名でホームにダウンロードしたとする)
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       * サーバ側 (サーバでジョブを処理させない場合): torque-server, torque-scheduler       * サーバ側 (サーバでジョブを処理させない場合): torque-server, torque-scheduler
       * ノード側: torque-mom       * ノード側: torque-mom
-  - サーバの設定+  - [[分子シミュレーション関連/環境構築/Torque (旧PBS)/サーバの設定|サーバの設定]] 
 + 
 +===== GPUノードでの手順 ===== 
 +  * [[#手順]] の 5 の configure が異なる 
 + 
 +  - nvml のために、CUDA の他に GPU develop kit を [[https://developer.nvidia.com/gpu-deployment-kit | GPU Deployment Kit | NVIDIA Developer]] からダウンロード 
 +  - GPU develop kit のインストール\\ <code bash>$ chmod +x linux_amd64_352_79_release.run 
 +$ sudo ./linux_amd64_352_79_release.run</code> 
 +  - コンパイル情報のクリア\\ <code bash>$ cd torque-6.0.1-1456945733_daea91b 
 +$ make distclean</code> 
 +  - インストールのための設定\\ <code bash>$ ./configure --prefix=/usr/local --with-default-server=hoge --enable-nvidia-gpus --with-nvml-include=/usr/include/nvidia/gdk --with-nvml-lib=/usr/lib/x86_64-linux-gnu --with-hwloc-path=/usr/include</code> 
 +    * ''--prefix'': インストール先 (今回は /usr/local 以下に bin や lib が展開するようにした) 
 +    * ''--with-default-server'': サーバ名 (apt-get でインストールした際の /var/spool/torque/server_name の設定が不要になる) 
 +    * ''--enable-nvidia-gpus'': torque-mom で GPU を使うノード 
 +    * ''--with-nvml-include'': nvml のインクルードファイルのあるディレクトリのパス 
 +    * ''--with-nvml-lib'': nvml のライブラリファイルのあるディレクトリのパス 
 +    * ''--with-hwloc-path'': hwloc のあるディレクトリのパス 
 +  - [[#手順]] の 6 以降の作業を GPU ノードで実行 
 + 
 +===== 参考サイト ===== 
 +  * Torque のインストール\\ [[http://www.cr.ie.u-ryukyu.ac.jp/~game/pukiwiki/index.php?Torque | Torque - Game Lab -PukiWiki-]] 
 +  * マシン起動時のスクリプト起動\\ [[http://mower.hateblo.jp/entry/2015/05/08/111025 | 【Ubuntu】OS起動時に自作スクリプトを動かす - ムーワァとデーヴァの私生活]] 
 +  * Torque インストール時のエラー\\ [[http://chenmingzhang.blogspot.jp/2015/01/setup-torquemaui-system.html | some tips on learning linux/bsd/solaris: Setup torque/maui system _debug the system]] 
 +  * GPU ノードでのインストール\\ [[http://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-0-2/Content/topics/3-nodes/NVIDIAGPGPUs.htm | TORQUE NVIDIA GPGPUs]] 
 + 
 +{{tag>Linux サーバ 分子シミュレーション}}
  • 分子シミュレーション関連/環境構築/torque_旧pbs/コンパイルによる導入.1468899040.txt.gz
  • 最終更新: 2016/07/19 12:30
  • by mumeiyamibito