分子シミュレーション関連:環境構築:torque_旧pbs:コンパイルによる導入

差分

このページの2つのバージョン間の差分を表示します。

この比較画面へのリンク

両方とも前のリビジョン 前のリビジョン
次のリビジョン		 前のリビジョン
分子シミュレーション関連:環境構築:torque_旧pbs:コンパイルによる導入 [2016/07/19 12:22] – mumeiyamibito分子シミュレーション関連:環境構築:torque_旧pbs:コンパイルによる導入 [2017/03/28 17:50] (現在) – [GPUノードでの手順] mumeiyamibito
行 1: 行 1:
 ====== コンパイルによる導入 ====== ====== コンパイルによる導入 ======
 +===== apt-get と異なる点 =====
 +  * apt-getによる導入 では、サーバとノードでインストールするパッケージが異なった
 +  * コンパイルによる導入では、サーバとノードに同じものをインストールするが、それぞれの実行ファイルの起動の ON/OFF を制御することで、サーバとノードを分ける
 +
 +===== 手順 =====
 <note warning>Torque 6.0.1 on Ubuntu 14.04 でのインストール手順です</note> <note warning>Torque 6.0.1 on Ubuntu 14.04 でのインストール手順です</note>
-  - パッケージを [[http://www.adaptivecomputing.com/products/open-source/torque/]] からダウンロード (ここでは、「torque-6.0.1-1456945733_daea91b.tar.gz」というファイル名でホームにダウンロードしたとする)+  - ホスト名の設定\\ <code bash>$ sudoedit /etc/hosts</code> 
 +    * 127.0.0.1 は localhost からホスト名に変更 
 +    * 127.0.1.1 はコメントアウト 
 +    * ノードのホスト名も入れていく 
 +  - パッケージを [[http://www.adaptivecomputing.com/products/open-source/torque/]] からダウンロード 
 +    * ここでは、「torque-6.0.1-1456945733_daea91b.tar.gz」というファイル名でホームにダウンロードしたとする)
   - パッケージを展開\\ <code bash>$ tar axvf torque-6.0.1-1456945733_daea91b.tar.gz</code>   - パッケージを展開\\ <code bash>$ tar axvf torque-6.0.1-1456945733_daea91b.tar.gz</code>
   - 必要なパッケージをインストール\\ <code bash>$ sudo apt-get install libssl-dev libboost-dev</code>   - 必要なパッケージをインストール\\ <code bash>$ sudo apt-get install libssl-dev libboost-dev</code>
行 11: 行 21:
     * マルチスレッド環境であれば、''-j'' オプションを付けてスレッド数を指定すると速くコンパイルできる     * マルチスレッド環境であれば、''-j'' オプションを付けてスレッド数を指定すると速くコンパイルできる
   - インストール (コンパイルしたものをインストール指定先にコピー)\\ <code bash>$ sudo make install</code>   - インストール (コンパイルしたものをインストール指定先にコピー)\\ <code bash>$ sudo make install</code>
 +    * 1〜6 の作業を行った場所が NFS で共有され、計算機の構成が同じ場合、別ノードでの作業は 1〜6 の作業を省略できる。その場合、別ノードにログインした後、cd で同じパスに移動し、''sudo make install'' するだけで良い。
     * なお、/var/spool のパーミッションの設定などは自動で処理されている     * なお、/var/spool のパーミッションの設定などは自動で処理されている
   - ポートの設定 (/etc/services を編集する; 以下を追記する)\\ <code>   - ポートの設定 (/etc/services を編集する; 以下を追記する)\\ <code>
行 31: 行 42:
       * ただし、実行パスを変更する       * ただし、実行パスを変更する
       * torque-mom については trqauthd も実行させる必要があるため、trqauthd の実行も加える       * torque-mom については trqauthd も実行させる必要があるため、trqauthd の実行も加える
-    * 以下の条件で配置する (気にしないのであれば、すべて配置しても問題ない)+    * 以下の条件で配置する
       * サーバ側(サーバでもジョブを処理させる場合): torque-server, torque-mom, torque-scheduler を配置       * サーバ側(サーバでもジョブを処理させる場合): torque-server, torque-mom, torque-scheduler を配置
       * サーバ側 (サーバでジョブを処理させない場合): torque-server, torque-scheduler を配置       * サーバ側 (サーバでジョブを処理させない場合): torque-server, torque-scheduler を配置
行 264: 行 275:
 exit 0 exit 0
 </code> </code>
-    - 計算機起動時に起動するように設定\\ <code bash>$ sudo apt-get install sysv-rc-conf+  - 計算機起動時に起動するように設定\\ <code bash>$ sudo apt-get install sysv-rc-conf
 $ cd /etc/init.d $ cd /etc/init.d
 $ sudo sysv-rc-conf 起動させたいスクリプト on $ sudo sysv-rc-conf 起動させたいスクリプト on
 </code> </code>
-        * 以下の条件で起動させたいスクリプトを on にする +    * 以下の条件で起動させたいスクリプトを on にする 
-          * サーバ側(サーバでもジョブを処理させる場合): torque-server, torque-mom, torque-scheduler +      * サーバ側(サーバでもジョブを処理させる場合): torque-server, torque-mom, torque-scheduler 
-          * サーバ側 (サーバでジョブを処理させない場合): torque-server, torque-scheduler +      * サーバ側 (サーバでジョブを処理させない場合): torque-server, torque-scheduler 
-          * ノード側: torque-mom+      * ノード側: torque-mom 
 +  - [[分子シミュレーション関連/環境構築/Torque (旧PBS)/サーバの設定|サーバの設定]] 
 + 
 +===== GPUノードでの手順 ===== 
 +  * [[#手順]] の 5 の configure が異なる 
 + 
 +  - nvml のために、CUDA の他に GPU develop kit を [[https://developer.nvidia.com/gpu-deployment-kit | GPU Deployment Kit | NVIDIA Developer]] からダウンロード 
 +  - GPU develop kit のインストール\\ <code bash>$ chmod +x linux_amd64_352_79_release.run 
 +$ sudo ./linux_amd64_352_79_release.run</code> 
 +  - コンパイル情報のクリア\\ <code bash>$ cd torque-6.0.1-1456945733_daea91b 
 +$ make distclean</code> 
 +  - インストールのための設定\\ <code bash>$ ./configure --prefix=/usr/local --with-default-server=hoge --enable-nvidia-gpus --with-nvml-include=/usr/include/nvidia/gdk --with-nvml-lib=/usr/lib/x86_64-linux-gnu --with-hwloc-path=/usr/include</code> 
 +    * ''--prefix'': インストール先 (今回は /usr/local 以下に bin や lib が展開するようにした) 
 +    * ''--with-default-server'': サーバ名 (apt-get でインストールした際の /var/spool/torque/server_name の設定が不要になる) 
 +    * ''--enable-nvidia-gpus'': torque-mom で GPU を使うノード 
 +    * ''--with-nvml-include'': nvml のインクルードファイルのあるディレクトリのパス 
 +    * ''--with-nvml-lib'': nvml のライブラリファイルのあるディレクトリのパス 
 +    * ''--with-hwloc-path'': hwloc のあるディレクトリのパス 
 +  - [[#手順]] の 6 以降の作業を GPU ノードで実行 
 + 
 +===== 参考サイト ===== 
 +  * Torque のインストール\\ [[http://www.cr.ie.u-ryukyu.ac.jp/~game/pukiwiki/index.php?Torque | Torque - Game Lab -PukiWiki-]] 
 +  * マシン起動時のスクリプト起動\\ [[http://mower.hateblo.jp/entry/2015/05/08/111025 | 【Ubuntu】OS起動時に自作スクリプトを動かす - ムーワァとデーヴァの私生活]] 
 +  * Torque インストール時のエラー\\ [[http://chenmingzhang.blogspot.jp/2015/01/setup-torquemaui-system.html | some tips on learning linux/bsd/solaris: Setup torque/maui system _debug the system]] 
 +  * GPU ノードでのインストール\\ [[http://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-0-2/Content/topics/3-nodes/NVIDIAGPGPUs.htm | TORQUE NVIDIA GPGPUs]] 
 + 
 +{{tag>Linux サーバ 分子シミュレーション}}
  • 分子シミュレーション関連/環境構築/torque_旧pbs/コンパイルによる導入.1468898562.txt.gz
  • 最終更新: 2016/07/19 12:22
  • by mumeiyamibito