分子シミュレーション関連:環境構築:slurm

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分子シミュレーション関連:環境構築:slurm [2019/07/30 10:49] – [プログラム] mumeiyamibito分子シミュレーション関連:環境構築:slurm [2023/06/14 10:53] (現在) – [インストール方法] mumeiyamibito
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 ===== 概要 ===== ===== 概要 =====
   * Torque や Sun Grid Engine のようなジョブ管理ツール。   * Torque や Sun Grid Engine のようなジョブ管理ツール。
-  * 現状、ドキュメントは Torque の方が多く、Slurm は圧倒的にドキュメントが少なく、日本語ドキュメントはさらに少ない…。+  * 現状、Slurm は Torque に比べ圧倒的にドキュメントが少なく、日本語ドキュメントはさらに少ない…。
   * Ubuntu のデフォルトリポジトリには登録されている。   * Ubuntu のデフォルトリポジトリには登録されている。
  
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     * ''-p'': ジョブを実行するパーティション名を指定     * ''-p'': ジョブを実行するパーティション名を指定
     * ''-n'': ジョブに必要な CPU 数を指定     * ''-n'': ジョブに必要な CPU 数を指定
-    * ''-J'': ジョブ名を指定 (ただし、表示されるジョブ名は 8 文字に切り詰められるので注意)+    * ''-J'': ジョブ名を指定
     * ''-o'': ログファイルを指定     * ''-o'': ログファイルを指定
 +    * ''JOB_COMMAND'': 実行したいコマンド (シェルスクリプト)
     * これらのコマンドは ''sbatch'' のコマンドオプションとしても機能する。     * これらのコマンドは ''sbatch'' のコマンドオプションとしても機能する。
     * 参考サイト: [[https://slurm.schedmd.com/sbatch.html | Slurm Workload Manager - sbatch]]     * 参考サイト: [[https://slurm.schedmd.com/sbatch.html | Slurm Workload Manager - sbatch]]
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       * 標準+ディレクトリ: ''squeue -S i -o "%.8i %8j %2t %.10M %9P %16R %Z"''       * 標準+ディレクトリ: ''squeue -S i -o "%.8i %8j %2t %.10M %9P %16R %Z"''
       * 標準+実行ファイル: ''squeue -S i -o "%.8i %8j %2t %.10M %9P %16R %o"''       * 標準+実行ファイル: ''squeue -S i -o "%.8i %8j %2t %.10M %9P %16R %o"''
-    * %8j %2t %.10M %9P %R 
   * その他のオプション   * その他のオプション
     * ''-S'': 特定のカラムでソート (ソート内容は表示フォーマットで指定)     * ''-S'': 特定のカラムでソート (ソート内容は表示フォーマットで指定)
 +      * 例: ''-S i'' (''%i'' のジョブ ID でソート)
  
 ==== ジョブ制御 ==== ==== ジョブ制御 ====
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 ===== インストール方法 ===== ===== インストール方法 =====
-  * ここでは、Ubuntu 16.04 ベースで、ソースからコンパイルする方法を紹介する。 +  * Ubuntu のリポジトリ (apt) からインストールする場合は、"[[https://in-neuro.hatenablog.com/entry/2020/03/07/150139 | コア数が多いマシンが手に入ったのでslurmで計算クラスターにする - in neuro]]" を参照。 
 + * ここでは、Ubuntu 16.04 ベースで、ソースからコンパイルする方法を紹介する。 
 + 
   - 認証システム munge をインストールする。\\ <code bash>   - 認証システム munge をインストールする。\\ <code bash>
 $ sudo apt-get install libmunge-dev libmunge2 munge $ sudo apt-get install libmunge-dev libmunge2 munge
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     * ''Type'': GPU のアーキテクチャ名     * ''Type'': GPU のアーキテクチャ名
     * ''File'': GPU のデバイスファイルパス     * ''File'': GPU のデバイスファイルパス
 +    * アーキテクチャ対応表: https://arnon.dk/matching-sm-architectures-arch-and-gencode-for-various-nvidia-cards/
  
  
  • 分子シミュレーション関連/環境構築/slurm.1564451381.txt.gz
  • 最終更新: 2019/07/30 10:49
  • by mumeiyamibito