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| 分子シミュレーション関連:環境構築:gromacs [2019/03/19 19:44] – [手動インストール] mumeiyamibito | 分子シミュレーション関連:環境構築:gromacs [2019/03/20 12:17] (現在) – mumeiyamibito |
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| * 例: double + MPI 版: ''%%-DGMX_BINARY_SUFFIX="_d_mpi"%%''、''%%-DGMX_LIBS_SUFFIX="_d_mpi"%%'' → gmx_d_mpi | * 例: double + MPI 版: ''%%-DGMX_BINARY_SUFFIX="_d_mpi"%%''、''%%-DGMX_LIBS_SUFFIX="_d_mpi"%%'' → gmx_d_mpi |
| - コンパイルする。<code bash>$ make -j 4</code> | - コンパイルする。<code bash>$ make -j 4</code> |
| * ''nvcc fatal : Unsupported gpu architecture 'compute_20''' が出た場合、「[[https://stackoverflow.com/questions/47129220/nvcc-fatal-unsupported-gpu-architecture-compute-20-while-cuda9-0-is-installe | c++ - nvcc fatal : Unsupported gpu architecture 'compute_20' while cuda9.0 is installed - Stack Overflow]]」を参考に ''gromacs-5.1.2/cmake/gmxManageNvccConfig.cmake'' を書き換える。 | |
| - インストールする。<code bash>$ sudo make install</code> | - インストールする。<code bash>$ sudo make install</code> |
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| | ===== トラブルシューティング ===== |
| | * Gromacs コンパイル時に、''nvcc fatal : Unsupported gpu architecture 'compute_20''' が出てコンパイルできない。 |
| | * 問題: コンパイル時に指定している CUDA のバージョンでは ''compute_20'' というアーキテクチャをサポートしなくなったため。 |
| | * 解決策 1: CUDA のバージョンを変える (8.0 RC だと、ワーニング程度で済む) 。 |
| | * 解決策 2: 下記参考サイトのように ''gromacs-5.1.2/cmake/gmxManageNvccConfig.cmake'' の if 文を書き換える。 |
| | * 参考サイト: [[https://stackoverflow.com/questions/47129220/nvcc-fatal-unsupported-gpu-architecture-compute-20-while-cuda9-0-is-installe | c++ - nvcc fatal : Unsupported gpu architecture 'compute_20' while cuda9.0 is installed - Stack Overflow]] |
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| ===== 参考サイト ===== | ===== 参考サイト ===== |