分子シミュレーション関連:環境構築:gromacs

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分子シミュレーション関連:環境構築:gromacs [2019/03/19 19:21] – mumeiyamibito分子シミュレーション関連:環境構築:gromacs [2019/03/20 12:17] (現在) – mumeiyamibito
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     -DGMX_DOUBLE=OFF     -DGMX_DOUBLE=OFF
 </code> </code>
-    *  の single  
     * 上記オプションは、条件によって変わるので適宜変更する (環境変数 ''LD_FLAGS''、''CPP_FLAGS''、''LD_LIBRARY_PATH'' の FFTW の参照先は末尾の括弧にて表示)。     * 上記オプションは、条件によって変わるので適宜変更する (環境変数 ''LD_FLAGS''、''CPP_FLAGS''、''LD_LIBRARY_PATH'' の FFTW の参照先は末尾の括弧にて表示)。
       * single 版: ''-DGMX_MPI=OFF -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_GPU=OFF'' (single)       * single 版: ''-DGMX_MPI=OFF -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_GPU=OFF'' (single)
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   - インストールする。<code bash>$ sudo make install</code>   - インストールする。<code bash>$ sudo make install</code>
  
 +===== トラブルシューティング =====
 +  * Gromacs コンパイル時に、''nvcc fatal   : Unsupported gpu architecture 'compute_20''' が出てコンパイルできない。
 +    * 問題: コンパイル時に指定している CUDA のバージョンでは ''compute_20'' というアーキテクチャをサポートしなくなったため。
 +    * 解決策 1: CUDA のバージョンを変える (8.0 RC だと、ワーニング程度で済む) 。
 +    * 解決策 2: 下記参考サイトのように ''gromacs-5.1.2/cmake/gmxManageNvccConfig.cmake'' の if 文を書き換える。
 +      * 参考サイト: [[https://stackoverflow.com/questions/47129220/nvcc-fatal-unsupported-gpu-architecture-compute-20-while-cuda9-0-is-installe | c++ - nvcc fatal : Unsupported gpu architecture 'compute_20' while cuda9.0 is installed - Stack Overflow]]
  
 ===== 参考サイト ===== ===== 参考サイト =====
  • 分子シミュレーション関連/環境構築/gromacs.1552990912.txt.gz
  • 最終更新: 2019/03/19 19:21
  • by mumeiyamibito