このページの2つのバージョン間の差分を表示します。
| 両方とも前のリビジョン 前のリビジョン 次のリビジョン | 前のリビジョン |
| 分子シミュレーション関連:環境構築:gromacs [2019/03/04 10:45] – mumeiyamibito | 分子シミュレーション関連:環境構築:gromacs [2019/03/20 12:17] (現在) – mumeiyamibito |
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| $ export LD_FLAGS="-L/usr/local/fftw_single/lib" | $ export LD_FLAGS="-L/usr/local/fftw_single/lib" |
| $ export CPP_FLAGS="-I/usr/local/fftw_single/include" | $ export CPP_FLAGS="-I/usr/local/fftw_single/include" |
| $ exporty LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/fftw_single/lib:$LD_LIBRARY_PATH | $ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/fftw_single/lib:$LD_LIBRARY_PATH |
| $ sudo ldconfig | $ sudo ldconfig |
| $ cmake ../ \ | $ cmake ../ \ |
| -DGMX_DOUBLE=OFF | -DGMX_DOUBLE=OFF |
| </code> | </code> |
| * の single | |
| * 上記オプションは、条件によって変わるので適宜変更する (環境変数 ''LD_FLAGS''、''CPP_FLAGS''、''LD_LIBRARY_PATH'' の FFTW の参照先は末尾の括弧にて表示)。 | * 上記オプションは、条件によって変わるので適宜変更する (環境変数 ''LD_FLAGS''、''CPP_FLAGS''、''LD_LIBRARY_PATH'' の FFTW の参照先は末尾の括弧にて表示)。 |
| * single 版: ''-DGMX_MPI=OFF -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_GPU=OFF'' (single) | * single 版: ''-DGMX_MPI=OFF -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_GPU=OFF'' (single) |
| - インストールする。<code bash>$ sudo make install</code> | - インストールする。<code bash>$ sudo make install</code> |
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| | ===== トラブルシューティング ===== |
| | * Gromacs コンパイル時に、''nvcc fatal : Unsupported gpu architecture 'compute_20''' が出てコンパイルできない。 |
| | * 問題: コンパイル時に指定している CUDA のバージョンでは ''compute_20'' というアーキテクチャをサポートしなくなったため。 |
| | * 解決策 1: CUDA のバージョンを変える (8.0 RC だと、ワーニング程度で済む) 。 |
| | * 解決策 2: 下記参考サイトのように ''gromacs-5.1.2/cmake/gmxManageNvccConfig.cmake'' の if 文を書き換える。 |
| | * 参考サイト: [[https://stackoverflow.com/questions/47129220/nvcc-fatal-unsupported-gpu-architecture-compute-20-while-cuda9-0-is-installe | c++ - nvcc fatal : Unsupported gpu architecture 'compute_20' while cuda9.0 is installed - Stack Overflow]] |
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| ===== 参考サイト ===== | ===== 参考サイト ===== |