Gromacs 2025.2 のインストール方法

OS: LinuxMint 22.1
Gromacs: 2025.2
OpenMPI: 5.0.8
FFTW: Gromacs インストーラでの自動インストール
作業ディレクトリ: $HOME/opt
インストール先: /usr/local
シェル環境: fish shell

作業ディレクトリを作成する。
```
$ mkdir $HOME/opt
```

OpenMPI をダウンロードする。

$ cd $HOME/opt
$ wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v5.0/openmpi-5.0.8.tar.gz

展開する。
```
$ tar axvf ../openmpi-5.0.8.tar.gz
```

インストールする。

$ cd openmpi-5.0.8
$ ./configure --prefix=/usr/local --enable-static --with-slurm CC=gcc CXX=g++ F77=gfortran FC=gfortran
$ make -j 4
$ sudo make install

設定ファイルに以下を追記する。
- bash の場合 ($HOME/.bashrc)
```
export LD_LIBRARY_PATH $LD_LIBRARY_PATH /usr/local/lib
```
- fish の場合 ($HOME/.config/fish/config.fish)
```
set -gx LD_LIBRARY_PATH $LD_LIBRARY_PATH /usr/local/lib
```

設定を適用する。

    * bash の場合 (''$HOME/.bashrc'')\\ <code bash>
$ source $HOME/.bashrc

fish の場合 ($HOME/.config/fish/config.fish)
```
$ source $HOME/.config/fish/config.fish
```

必要パッケージをインストールする。
```
$ sudo apt install cmake
```

パッケージをダウンロードする。

$ cd $HOME/opt
$ wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2025.2.tar.gz

Gromacs パッケージを展開する。
```
$ tar axvf gromacs-2025.2.tar.gz
```

Gromacs をインストールする。

$ cd gromacs-2025.2
 
# for single version
$ mkdir single
$ cd single
$ cmake ../ -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/bin/mpicxx -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2025.2 -DGMX_SIMD=AVX_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -DGMX_BINARY_SUFFIX="" -DGMX_LIBS_SUFFIX="" -DGMX_MPI=OFF -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_GPU=OFF
$ make -j 4
$ sudo make install
$ cd ..
 
# for double version
$ mkdir double
$ cd double
$ cmake ../ -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/bin/mpicxx -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2025.2 -DGMX_SIMD=AVX_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -DGMX_BINARY_SUFFIX="_d" -DGMX_LIBS_SUFFIX="_d" -DGMX_MPI=OFF -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_GPU=OFF
$ make -j 4
$ sudo make install
$ cd ..
 
# for single mpi version
$ mkdir single_mpi
$ cd single_mpi
$ cmake ../ -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/bin/mpicxx -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2025.2 -DGMX_SIMD=AVX_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -DGMX_BINARY_SUFFIX="_mpi" -DGMX_LIBS_SUFFIX="_mpi" -DGMX_MPI=ON -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_GPU=OFF
$ make -j 4
$ sudo make install
$ cd ..
 
# for double mpi version
$ mkdir double_mpi
$ cd double_mpi
$ cmake ../ -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/bin/mpicxx -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2025.2 -DGMX_SIMD=AVX_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -DGMX_BINARY_SUFFIX="_d_mpi" -DGMX_LIBS_SUFFIX="_d_mpi" -DGMX_MPI=ON -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_GPU=OFF
$ make -j 4
$ sudo make install
$ cd ..

bash の場合

$ source /usr/local/gromacs-2025.2/bin/GMXRC.bash

fish の場合
1. gmxrc.fish.zip をダウンロードする。
2. 展開して、 GMXRC.fish にする。
3. /usr/local/gromacs-2025.2/bin/ 以下に配置する。
4. 以下のコマンドを実行する。
```
$ source /usr/local/gromacs-2025.2/bin/GMXRC.fish
```

Linux, サーバ, 分シミュレーション

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